 - 利尻礼文サロベツ
- 利尻・礼文両島とサロベツ原野一帯からなる、日本最北の自然公園。
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 - 知床
- 原始性の高い国立公園。オジロワシ、シマフクロウ、ヒグマの生息地。
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 - 阿寒
- 森と湖と火山の公園。マリモの生息地として有名。
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 - 釧路湿原
- 釧路湿原を中心とする国立公園。タンチョウの主要な繁殖地。
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 - 大雪山
- 中央高地一帯を含む、日本最大の国立公園。ナキウサギなどが生息。
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 - 支笏洞爺
- 支笏、洞爺のカルデラ湖を中心とし、羊蹄山地域を加えた3地域からなる公園。
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 - 十和田八幡平
- 十和田・八甲田地域と八幡平地域に分かれた公園。八幡平は樹氷で知られている。
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 - 陸中海岸
- 南北180kmにわたる長大な海岸公園。海鳥の繁殖地も多い。
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 - 磐梯朝日
- 出羽三山・朝日連峰、猪苗代湖などを含む公園。各山域では多彩な高山植物が見られる。
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 - 日光
- 多様な自然と人工美を併せ持つ国立公園。鬼怒川、塩原など温泉も多い。
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 - 尾瀬
- 尾瀬地域、田代山・帝釈山地域からなる公園。日本の自然を代表する場所の一つ。
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 - 上信越高原
- 山岳と高原の国立公園。志賀、菅平などは夏季の保養地として有名。
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 - 秩父多摩甲斐
- 奥多摩と奥秩父の山域を中心とする公園。クマタカなど多くの鳥類が生息。
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 - 小笠原
- 北硫黄島以北の小笠原諸島を区域とする公園。生物相に大きな特色がある。
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 - 富士箱根伊豆
- 最も訪れる人の多い、日本の最高峰富士山を中心とする公園。
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 - 中部山岳
- 飛騨山脈主要部を区域とする日本を代表する山岳公園。ライチョウが生息。
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 - 白山
- 白山山麓を含む一帯。日本における高山植物分布の西の限界。
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 - 南アルプス
- 赤石山脈の稜線部を中心とする非火山性の国立公園。高山植生が発達。
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 - 伊勢志摩
- 志摩半島と伊勢神宮を含む公園。英虞湾は繊細で優美な多島海景観を展開する。
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 - 吉野熊野
- 大峰山脈や熊野川を有する公園。日本有数の多雨地帯。
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 - 山陰海岸
- 変化に富んだ海岸地形を持つ公園。西端には鳥取砂丘が広がる。
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 - 瀬戸内海
- 多島海景観を中心とする海の公園。自然と人文が融合した風景が広がる。
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 - 大山隠岐
- 大山を主とし、隠岐諸島、島根半島及び三瓶山の4地域からなる国立公園。
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 - 足摺宇和海
- 四国西南部の海岸と内陸の滑床渓谷などを含む公園。足摺岬は四国最南端の地。
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 - 西海
- 九州北西部の海岸域と五島列島を区域とする公園。すぐれた多島海景観が展開。
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 - 雲仙天草
- 雲仙地域と天草地域からなる公園。平成新山など6件の国指定天然記念物を有する。
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 - 阿蘇くじゅう
- 阿蘇火山一帯と九重山地、由布岳、鶴見岳を区域とする公園。
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 - 霧島屋久
- 霧島火山群、錦江湾沿岸、屋久島主要部を含む公園。屋久島は平成5年に世界自然遺産に登録。
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 - 西表石垣
- 西表島・石垣島の主要部と周辺の島々、広大なサンゴ礁海域からなる、亜熱帯の国立公園。
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